Дерево средних размеров, в молодом возрасте округлой формы, в плодоносящем – широкоокруглой с пониклыми ветвями, крона густая, требующая регулярного прореживания. Урожай формируется, в основном, на ростовых побегах (плодовые прутики, копьеца).

Побеги длинные, тонкие, зеленоватые с серым налетом, сильно опушены. Листья мелкие, овальной формы с удлиненным острым кончиком, матовые, из-за сильного опушения сероватые.

Плоды (рис.) среднего размера и мелкие, округло-конической формы, с очень слабой ребристостью, симметричные. Поверхность гладкая. Основная окраска зеленовато-желтая, покровная – размытый темно-красный румянец, на котором хорошо заметны более темные полосы и штрихи и обилие мелких белых подкожных точек. Плодоножка длинная, тонкая, выходит из узкой, глубокой воронки со слегка оржавленными стенками. Чашечка маленькая, закрытая, расположена в мелком блюдце со слабой бугристостью. Подчашечная трубка маленькая, воронковидная. Камеры закрытые. Осевой полости нет.
Мякоть кремовая, плотная, сочная, винносладкого вкуса с пряным тонким ароматом, хорошего вкуса. Химический состав плодов: сумма сахаров – 11,6%, титруемая кислотность – 0,57%, сухие вещества – 14,0% на сырое вещество, аскорбиновой кислоты – 14,2 мг/100г, Р-активных катехинов – 167,4 мг/100г.

Плоды зимнего созревания, высокотранспортабельны, в условиях плодохранилища сохраняются до февраля-марта месяца (223 дня), универсального назначения. Продукты переработки высокого качества, особенно варенье.
Начало плодоношения – на пятый-седьмой год. Урожаи обильные, ежегодные. Зимостойкость деревьев средняя. В суровые зимы деревья подмерзают, но хорошо восстанавливаются.
Плоды и листья паршой поражаются, примерно, одинаково (2,7 балла), к плодожорке плоды средневосприимчивы.

Достоинства сорта: скороплодность, регулярная высокая урожайность, высокая степень самоплодности, высокая регенеративная способность, плоды нарядной окраски, высокотранспортабельны.

Недостатки сорта: без обрезки дерева плоды мельчают и склонны к осыпанию, поражаются паршой.
Пепин шафранный оказался ценной исходной формой для селекции. С его участием создано около 20 новых сортов. Особенно интенсивно Пепин шафранный использовался в селекции в НИИ садоводства Сибири им. М. А. Лисавенко. От скрещивания Ранетки пурпуровой с Пепином шафранным в этом институте созданы сорта: Алтайский голубок, Алтайское бархатное, Горноалтайское, Осенняя радость. С участием Пепина шафранного в этом же институте выведены сорта: Заветное и Сувенир Алтая. От скрещивания Пепина шафранного и Антоновки обыкновенной во ВНИИ садоводства им. И. В. Мичурина получены сорта Вишневая и Дружба народов. Все перечисленные новые сорта включены в Госреестр селекционных достижений (районированы).