Дерево среднерослое с широкоокруглой кроной средней густоты, образованной скелетными ветвями, отходящими от ствола под неострыми углами. С возрастом наблюдается поникание ветвей под тяжестью урожая. Плодоносит, в основном, на кольчатках, копьецах и плодовых прутиках.

Побеги зеленовато-коричневые, слабоколенчатые, тонкие или средней толщины, сильно опушенные. Листья мелкие или среднего размера, удлиненно-яйцевидные, слегка морщинистые, матовые, со слабо приподнятыми, немного волнистыми, пильчато-городчатыми краями, зеленые с густым опушением, создающим сизовато-серебристый налет, являющийся характерным сортовым признаком Джонатана.

Плоды (рис.) среднего или вышесреднего размера, слабоуплощенной округлой или округло-конической формы, ровные или слаборебристые у вершины, поверхность гладкая. Основная окраска зеленовато-желтая, покровная – интенсивный размытый или с полосами темно-красный румянец, занимающий почти всю поверхность плода. Подкожные точки малозаметные, на плодах бывает оржавленность в виде "сеточки". Плодоножка короткая или средняя, тонкая. Воронка средней ширины, глубокая, с оржавленностью. Блюдце чаще глубокое, средней ширины с почти отвесными стенками, слегка складчатое. Чашечка закрытая. Подчашечная трубка обычно длинная, средней ширины, воронковидная. Семенные камеры закрытые.
Мякоть зеленовато-белая, при созревании – кремовая, сладко-кислая, ароматная, очень сочная, плотная, отличного десертного вкуса. В условиях юга России плоды накапливают 13,7% сухих веществ, 10,6-11,3% сахаров, титруемых кислот – 0,65%, аскорбиновой кислоты – 6 мг/100 г, Р-активных веществ – 100 мг/100г.
Снимают плоды в середине сентября, хранят до апреля. В процессе хранения плоды покрываются горькой "джонатановой" пятнистостью и подвядают.
Сорт скороплодный – на среднерослых подвоях плодоносит с 5 лет. Урожайность высокая – отдельные деревья в совхозе "Сад-Гигант" давали по 490 кг с дерева. При возделывании на недостаточно плодородных почвах и при дефиците влаги уменьшается продуктивность, плоды мельчают.
Сорт недостаточно зимостоек – подмерзает многолетняя древесина.
Деревья относительно устойчивы к парше, сильно повреждаются мучнистой росой.

Достоинства сорта: скороплодность и высокая урожайность, отличный вкус плодов.

Недостатки сорта: сильная восприимчивость к мучнистой росе, заболевание плодов пятнистостью при хранении, невысокая зимостойкость.
Джонатан широко использовался как исходная форма отечественными и зарубежными селекционерами. С его участием создано около 40 новых сортов (из них более половины за рубежом), в том числе Память Сергееву (Анис кубанский х Джонатан) селекции СКЗНИИСиВ и Айдоред (Джонатан х Вагнер) селекции США. С участием Джонатана созданы такие иммунные к парше сорта, как Макфри (в происхождении принимали участие M. floribunda 821, Джонатан, Мекинтош, Ром Бьюти) селекции Оттавской опытной станции (Канада) и Прайм (в происхождении принимали участие M. floribunda 821, Джонатан, Голден Делишес) селекции Анжерской опытной станции (Франция).