Болотный ирис - это многолетнее травянистое растение, частично погруженное в воду. Часть стебля, постоянно находящаяся в воде, со временем переродилась в корневище, в котором происходит накопление питательных веществ.

У корневища имеется точка роста. Но в связи с его горизонтальным расположением рост стебля происходит вбок. Из-за такого расположения растение занимает большие территории. На корневище происходит образование почек, из которых формируются цветы и листья.

У корневища имеется большое количество дополнительных корешков.

Листья имеют мечевидную форму с параллельно расположенными жилками. Высота листьев при благоприятных условиях может достигать двух метров.

Растение формирует длинный цветонос, внешне напоминающий стебель.

Цветок состоит из шести лепестков с простым околоцветником. Лепестки располагаются по внешнему и внутреннему кругу по три в каждом. После цветения созревает плод-коробочка, которая открывается, и семена высыпаются в воду. Семена свободно удерживаются на плаву благодаря имеющимся воздушным полостям.